In questi luoghi ebbe avvio la straordinaria vicenda che legò indissolubilmente Giovanni Battista de Rossi alle catacombe romane e ne fece il “fondatore” della moderna archeologia cristiana. Giovanissimo, il de Rossi perlustrò insieme al fratello Michele Stefano, le vigne comprese tra l’Appia e l’Ardeatina, rimanendo colpito dalle due celle tricore, allora adibite ad usi agricoli, e si convinse del loro “carattere sacro ed istorico”. Nel 1849 l’archeologo individuò presso la tricora orientale un frammento della lapide di papa Cornelio e quindi, nel 1852, in seguito all’escavazione della regione catacombale di Lucina, ritrovò il sepolcro del pontefice. Nel frattempo, Pio IX, accogliendo gli auspici dei de Rossi, promosse l’acquisizione della Vigna Molinari, nel cui sottosuolo erano state svolte le prime esplorazioni, e ciò rese più agevole il completamento delle indagini: nel 1854 fu la volta dello scavo della cosiddetta Area Prima, il “Cimitero” amministrato dal diacono Callisto prima di diventare papa, sede della celeberrima cripta dei Papi. Nel 1856 furono esplorate le cripte di S. Cecilia, di S. Eusebio e successivamente quelle dei martiri Calocero e Partenio.